除了为慈善公益等特定目的而设立，基金更多指的是以基金券的方式将投资者手中的基金集合起来用于投资证券基金领域的证券投资基金。有限合伙制则是证券投资基金通常采用的组织方式。在投资者购买基金份额后，成为基金的有限合伙人（LP），由作为基金管理人的普通合伙人（GP）做出具体投资决策，并将收益分配给投资者。投资者不参与基金的投资决策和运行管理，仅仅以出资额为限承担有限责任。
由于有限合伙的基金组织方式一方面对投资者以承担有限责任的方式对投资风险进行隔离，鼓励投资，另一方面则在（负责投资管理）普通合伙人与（负责风险分担）有限合伙人之间形成专业化分工，提升了投资效率。截止到 2020 年年底，manbetx3.0 基金管理人管理的公募基金净值已近20万亿元人民币。
证券投资基金的上述有限合伙组织方式特别类似于以上市公司面目呈现的现代股份公司。现代股份公司的股东像基金中的有限合伙人一样，一方面以出资额为限，对企业经营风险承担有限责任；另一方面则实行所有权与经营权的分离，除非资产并购重组、经营战略调整等重大事项通过股东大会集体表决进行裁决外，通常并不干预企业管理团队做出的日常经营决策。由于股东对公司享有的所有权与管理团队负责的日常经营权的分离，在现代股份公司中，在股东与管理团队二者之间不可避免地基于双方信息不对称产生代理冲突。管理团队有动机利用他们掌握的私人信息，进行关联交易，追求私人收益，使外部股东的利益受到损害。
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