20世纪30年代，国民党鼓吹“一个党、一个主义、一个领袖”，以党派势力渗透大学，加强学生思想控制。
竺可桢接任浙江大学校长前就对此有异议。1936年3月16日下午，教育部长王世杰来访，竺可桢提出接任浙大校长后“办学方针是否采英美之Academic Freedom（按：学术自由）或法西蒂（按：今译法西斯）独断行为”的尖锐问题，希望得到官方“标准答案”。王世杰是法国巴黎大学博士，曾任北京大学教授、武汉大学首任校长，作出判断不难，只是此时身份不同，选择回避问题，对此“亦未能有明白之表示”。
他接任浙大校长后，更是反对国民党强制要求教师入党、学生入团，主张师生埋头学问、不加入任何党派。强调“对学校应能自治，以维护大学之尊严”；“学生应有读书的自由，探求真理的自由。只有让学生兼收并蓄，接受的知识面广，才能培养出全面的人才，没有民主自由，也就求不到真理，培养不出真正的人才。”
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